La fondation Raspberry Pi recommande d'utiliser Raspbian, une distribution GNU/Linux optimisée pour le matériel du Raspberry Pi. Raspbian est basée sur Debian, embarquant l'environnement de bureau LXDE et le navigateur web Midori.
D'autre distributions GNU/Linux ont été testées avec succès avec le Raspberry Pi. C'est le cas de Slackware, Arch et Gentoo dans leur version destinée au processeurs ARM. Red Hat recommande d'utiliser Raspberry Pi Fedora Remix et les debianeux s'orienteront vers Raspbian.
Android fonctionne également sur le Raspberry Pi, tout comme FreeBSD et NetBSD.